El 1 de octubre de 1578 falleció a los 33 años de edad D. Juan de Austria, héroe de Lepanto, según Miguel de Cervantes «la más alta ocasión que vieron los siglos pasados, los presentes, ni esperan ver los venideros».
Hijo natural del emperador y rey Carlos y de Bárbara Bloomberg fue bautizado como Jeromín. Su hermanastro el rey Felipe II el «Prudente» le cambió el nombre a Juan por parecer «más masculino».
El Emperador y Rey Carlos informó de la existencia de Jeromín en un codicilo de su testamento fechado el 6 de junio de 1554: «por quanto estando yo en Alemania, después que embiudé, huve un hijo natural de una mujer soltera, el que se llama Gerónimo».
Teniendo unos 4 años de edad, el emperador y rey Carlos ordenó que Jeromín se criara en España. Sus primeros años en España los pasó en Leganés, pueblo cercano a Madrid, a cargo de Francisco Massy, violista de la corte imperial, y su mujer Ana de Medina.
A partir del verano de 1554 se hicieron cargo de su educación el mayordomo real Luis de Quijada y su mujer Margarita de Ulloa. D. Juan completó sus estudios en la Universidad de Alcalá de Henares donde coincidió con dos de sus familiares: el príncipe Carlos y Alejandro Farnesio.
Felipe II trató de inclinar a su hermano hacia el sacerdocio. Fue imposible, pues el hijo natural del César gustaba de gozar de la compañía femenina y más que iniciar una carrera religiosa deseaba con todas fuerzas comenzar la carrera de las armas.
De hecho, enterado en el año 1565 que los turcos estaban asediando la isla de Malta, D. Juan trató de incorporarse a la flota que fue enviada en auxilio maltés a pesar de no contar con la autorización de su hermano. Llegó a viajar a Barcelona con el propósito de embarcarse.
En el año 1568 su hermano le nombró Capitán General del Mar, con mando pleno sobre la Armada del Mediterráneo con la misión de combatir a los corsarios. Durante tres meses recorrió toda la costa y llegó a desembarcar en Orán y Melilla.
La primera operación de relevancia que le fue confiada por el rey Felipe II tuvo lugar en tierra firme: sofocó la rebelión de unos 25.000 moriscos en la Alpujarra. En aquellas luchas perdió la vida su otrora tutor Luis de Quesada.
En el año 1571 le fue encomendado a D. Juan de Austria el estandarte de la Liga Santa, la coalición cristiana que hizo frente a la temida flota otomana en Lepanto, según Miguel de Cervantes, «la más alta ocasión que vieron los siglos».
Aconsejado entre otros por Álvaro de Bazán, impuso su plan: buscar la flota turca allá donde estuviera y destruirla, lo cual ocurrió el 7 de octubre de 1571 en el golfo de Lepanto. Con 24 años era un héroe para la cristiandad. Pio V: «Hubo un hombre querido de Dios llamado Juan”.
Tras su triunfo en Lepanto, don Juan de Austria se convirtió en el hombre más admirado de Europa. No obstante, la gloria obtenida en el mar no se tradujo en una carrera fácil. En 1573 fue enviado a sofocar la sublevación en los Países Bajos, donde la situación era cada vez más complicada. Allí trató de imponer la autoridad de su hermano en un territorio dividido entre católicos y protestantes.
El 4 de febrero de 1576 tomó posesión de su cargo como gobernador general de los Países Bajos. Ese mismo año firmó con los Estados Generales la Pacificación de Gante, que buscaba reconciliar a católicos y protestantes. Sin embargo, el acuerdo pronto se rompió. La guerra se reanudó y, pese a la falta de dinero y medios, don Juan logró notables victorias. La más destacada fue la batalla de Gembloux, en enero de 1578, donde sus fuerzas derrotaron ampliamente a los rebeldes.
Durante el verano de 1578, mientras reorganizaba sus tropas en Namur, cayó enfermo en el campamento de Bouges. Las crónicas hablan de fiebres malignas (probablemente tifus o fiebre tifoidea), aunque la rumorología de la época habló de un posible envenenamiento. La enfermedad se agravó rápidamente y el 1 de octubre de 1578, con apenas 33 años, expiró rodeado de pocos fieles, entre ellos su sobrino Alejandro Farnesio, que tomó el relevo en el mando.
El cuerpo de don Juan de Austria fue embalsamado y trasladado a España. Sus restos reposan hoy en el Monasterio de San Lorenzo de El Escorial, en el panteón de infantes, bajo una losa que recuerda la grandeza y brevedad de su vida.
